Het is maar tot op zekere hoogte nuttig verschillende onderwijsvormen met elkaar te vergelijken, omdat er veel verschillen zijn tussen scholen binnen een stroming. Bij een schoolkeuze is het belangrijk dat die éne school goed past bij ouders en kind(eren). Bij een school sfeer proeven en kritische vragen stellen is waar het uiteindelijk om gaat.

Enkele basisverschillen: Het grootste verschil tussen Jenaplan en Montessori is dat Montessori meer individugericht is dan Jenaplan. Er zijn bijvoorbeeld minder kringgesprekken. Bij Jenaplan ligt iets meer de nadruk op de sociale ontwikkeling van kinderen. Verder heeft een Montessorischool vaste Montessori-lesmethoden en -lesmaterialen. Jenaplan kent geen vaste "Jenaplanmethoden" of "Jenaplanlesmaterialen". Bij Jenaplanscholen kiezen de docenten uit het aanbod van methoden de best passende.

Bij Dalton zijn de begrippen "zelfstandig", "verantwoordelijk" en "samen" belangrijke uitgangspunten. Binnen het Jenaplan komen deze begrippen ook voor als onderdeel van het door Peter Petersen in 1950 ontwikkelde Jenaplanconcept "zelfstandigheid, verantwoordelijkheid, respect, sociale vaardigheid en creativiteit". Het duidelijkste verschil is dat bij Dalton kinderen in een jaargroep zitten, terwijl bij Jenaplan verschillende leeftijden bij elkaar in één groep zijn ondergebracht (de stamgroep).

De Vrije Scholen gebruiken de uitgangspunten van Rudolf Steiner (grondlegger van de Antroposofie) als fundament voor hun visie. Jenaplanscholen hebben 20 basisprincipes die zij als uitgangspunt nemen. De Vrije School werkt met een klassikale structuur. Bij een Vrije School krijgen de kinderen een paar weken achter elkaar les in hetzelfde vak (periodeonderwijs), en houdt elke klas dezelfde leerkracht gedurende zes jaar. Bij Jenaplan houdt elke stamgroep twee of drie jaar dezelfde stamgroepleider.

Freinet en Jenaplan vertonen veel gelijke trekken. Binnen het Freinetonderwijs heeft het ambachtelijk (hand)werken meer de nadruk en bij Jenaplan de pedagogische insteek.